La misión de la JUNJI consiste en brindar educación inicial de calidad a niños y niñas menores de cuatro años, en situación de vulnerabilidad, garantizando su desarrollo en igualdad de oportunidades, a través de la creación, promoción, supervisión y certificación  de la educación parvularia de salas cuna y jardines infantiles administrados directamente o por terceros.

La JUNJI trabaja en todo el territorio nacional, con sus diversos programas educativos, desde Putre hasta la Antártida, incluyendo Isla de Pascua y Juan Fernández. Su estructura está organizada por un nivel central y por Direcciones Regionales que tienen como labor principal desarrollar las funciones que por ley le corresponde a la institución en cada región, representando a la Vicepresidenta Ejecutiva y haciendo cumplir los planes, programas, políticas y metas de la institución, a través de la coordinación de su quehacer con las autoridades regionales, provinciales y comunales.